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生存分析
生存分析生存分析（survival analysis）是将事件的结果和出现这一结果所经历的时间结合起来分析的一类统计分析方法。不仅考虑时间是否出现，还考虑事件出现的时间长短，因此该类方法也被称为事件时间分析（time-to-event analysis）。生存分析也广泛用于社会学，经济学，工程学等领域。一.生存分析中的基本概念生存分析资料通常采用纵向随访观察获取，和一般资料相比具有如下特点：1. 同时考虑生存时间和生存结局；2. 通常含有删失数据；3.生存时间的分布通常不服从正态分布1.生...…
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人工智能医疗器械三类证汇总
国内人工智能医疗器械三类证汇总【CFDA(NMPA)】1.冠脉血流储备分数计算软件（北京昆仑医云科技有限公司-科亚）【创新产品】2020年01月15日，国家药品监督管理局经审查，批准了北京昆仑医云科技有限公司生产的创新产品“冠脉血流储备分数计算软件”的注册。该产品基于冠状动脉CT血管影像，由安装光盘和加密锁组成,功能模块包括图像基本操作、基于深度学习技术的血管分割与重建、血管中心线提取、基于深度学习技术的血流储备分数计算。已获得1项发明专利、2项发明专利处于实质审查阶段。该产品采用无创技术...…
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医学统计
你必须知道的医学统计基础一.统计学框架统计学包括两大类：描述统计和推断统计，其中推断统计又包括假设检验和统计估计。1.描述统计（descriptive statistics），又称叙述统计，是统计学中，来描绘或总结观察量的基本情况的统计总称。其与推论统计相对应。2.推断统计学（或称统计推断，statistical inference），指统计学中，研究如何根据样本数据去推断总体数量特征的方法。它是在对样本数据进行描述的基础上，对统计总体的未知数量特征做出以概率形式表述的推断。更概括地说，是...…
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重新出发
前几天没事，登入了自己的博客主页看了看，最新的一篇文章已经是在2018年了，当时记得是一个十一假期，没有什么计划，宅在宿舍买了一个域名，建了一个博客，挺好玩的，想想当时也挺有趣的，可惜还是没有能坚持下来。现在朝10晚8，白天工作没完没了，也没有时间去整理积累，所以想从现在开始，把学到的东西系统的整理一下，自己剁手把域名又续了9年，不奢求能坚持下来，但求多写几篇，可以把自己学到的东西系统整理一下。目前工作内容主要是影响组学和深度学习，从技术更偏向于临床，经过这段时间发现，统计知识需要学习一下...…
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使用全卷积的语义分割综述
图像的语义分割是为输入图像中的每个像素分配语义类，以便获得像素密集分类。虽然语义分割/场景解析自2007年以来一直是计算机视觉社区的一部分，但与计算机视觉领域的其他领域非常相似，当2014年Long等人首次使用完全卷积神经网络时，取得了重大突破,实现自然图像的端到端分割。所提出的FCN结构相对于Pascal VOC 2012数据集上的62.2%平均的IU实现了20%的提升。完全卷积网络（FCN）用于自然图像的语义分割，用于多模态医学图像分析和多光谱卫星图像分割。与像AlexNet，VGG，...…
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深度学习常用图像标注工具
想必大家在做关于深度学习图像处理领域，由于深度学习是数据驱动，所以带有标签的大数据是必不可少的，在做一些检测和分割任务时，如果是一些官方数据的话，那么你很幸运，不用为数据标注发愁；而当你处理自己任务的时候，这时你就要自己标注数据了，贼麻烦。所以使用一些开源的小软件可以方便快捷的标注数据。今天就为大家整理一下常用的标注工具分割任务1. LabelmeLabelme适用于图像分割任务的数据集制作：它来自下面的项目： https://github.com/wkentaro/labelme 该软件...…
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ubuntu上传代码文件到github
申请github账号，创建新的repositories,命名安装git sudo apt-get install git生成秘钥 ssh-keygen -t rsa -C "youremail@mail.com"使用默认，一路回车，这样会在~/下生成.ssh文件夹，按住ctrl+h,打开id_rsa.pub,复制key回到github，进入Account Setting，左边选择SSH Keys，Add SSH，title随便填，粘贴key. ssh -T git@git...…
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tensorflow detection API 利用自己的数据训练模型
在前面的两篇博客中讲述了tensorflow detection API 环境搭建和数据集制作，这篇将讲述如何修改配置文件完成训练过程。pbtxt文件配置在/data 文件下新建一个tumor.pbtxt文件，写入我们的标签，我的例子中是两个，id序号注意与前面创建CSV文件时保持一致，从1开始。 item { id: 1 name: 'malignant' } item { id: 2 name: 'ben...…
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tensorflow detection API 环境搭建
本文主要包括tensorflow detection API 环境搭建tensorflow detection API 简介tensorflow object detection API是一个开源的基于tensorflow的框架，使得创建，训练以及应用目标检测模型变得简单。我们已经发现这个代码对计算机视觉研究需要很有用，我们主要利用这个API在医学图像中检测病灶。开发环境搭建（现有tensorflow=1.2.0，cuda=8.0,cudnn=5.1,anconda(python=3.6)...…
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tensorflow detection API制作自己的数据集
在上一篇博客中我们简介了tensorflow detection API环境搭建，这篇博客主要讲述利用一个小软件来制作自己的检测数据集。LabelImg-制作数据集使用 LabelImg 这款小软件，标注图像。可以基于自己的任务和数据，标注出需要检测物体的bounding box,可以是一个类别也可以为多可类别。我们以肿瘤的良恶性为例。我们需要标注出肿瘤的四个坐标。标注完成后保存为同名的xml文件。生成CSV文件对于Tensorflow，需要输入专门的 TFRecords Format...…
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影像组学+深度学习
该博客主要更新一些布局医学影像的人工智能公司，为自己积累一些了解，为自己日后找工作提供一些方向和参考。4.汇医慧影 HY 医疗人工智能 先于时代，比你想象中还要聪明汇医慧影，是一家国家级医学影像人工智能高新技术企业，公司拥有图像深度学习的核心技术和多项专利技术，基于云计算、大数据、人工智能技术，构建了智慧影像云平台、数字智能胶片、肿瘤放疗云平台、大数据智能分析云平台以及影像智能筛查系统和人工智能诊断云平台等六大核心服务，打造了医学影像的数字化、移动化、智能化，完成了从筛查、诊断、治疗决...…
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影像组学+深度学习
该博客主要更新一些布局医学影像的人工智能公司，为自己积累一些了解，为自己日后找工作提供一些方向和参考。1.腾讯觅影 腾讯觅影 腾讯觅影是腾讯首款人工智能技术运用到医学领域的产品，它由腾讯互联网+合作事业部牵头，聚合了腾讯公司内部包括AI,LAB,优图实验室，架构平台等多个顶尖人工智能团队的能力，把图像识别，大数据处理，深度学习等领先技术与医学跨界融合研发而成。主要致力于将AI运用到医学相关的不同领域。目前研究方向主要有腾讯觅影AI影像和AI辅诊。主要产品1.食管癌早期筛查纤维内窥镜检查，...…
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分类问题评价指标
之前一直用CNN做分类问题，包括男女肌肉图像分类以及可视化和乳腺癌良恶性的诊断，归根到底是一个二分类问题。这篇博文将对一些分类问题中基本概念和评价指标做一个简单梳理。几个常用的术语现在假设我们的分类目标只有2类，正例（positive）和负例（negtive） True positives(TP): 被正确地划分为正例的个数，即实际为正例且被分类器划分为正例的实例数（样本数）； False positives(FP): 被错误地划分为正例的个数，即实际为负例但被分类器划分为正例的实例...…
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从逻辑回归到多层感知器再到深度神经网络
听说过很多次玻尔兹曼机，限制性玻尔兹曼机（RBM），深度玻尔兹曼机（DBM）,深度置信网络（DBM）,以及感知器（perceptron），多层感知器（MLP），深度神经网络（DNN）,在接下来的2篇博客中会详细阐述它们之前的演化及关系，在这篇博客中主要讲述感知器，多层感知器（MLP），深度神经网络（DNN）。程序说明首先我们通过程序去理解MLP和logistic regression之间的关系，我们同样使用TensorFlow和keras来演示。如果没有安装的话，请参考前面的文章文章链接$...…
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ubuntu命令行黑屏和重复出现登入界面的解决方法
对于刚安装好的Ubuntu系统，无法进入命令行安装显卡驱动是一个经常会出现的问题，这个问题比较容易解决。还有就是在登入界面输入密码后又重复出现登入界面，导致这个问题的原因有很多，国内大部分的方法并不能解决，下面就是详细解决教程。问题1.命令行黑屏问题修改grub文件1.Ctrl+Alt+t 打开终端，输入$ sudo gedit /etc/default/grub2.在文件中找到这一行：$ GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"改为：$ GRUB...…
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keras入门简单教程
在本次博客中,我将讲述如何利用keras搭建一个卷积神经网络用于自己图像数据分类。为什么使用keras,对于深度学习初学者来说，keras很简单，模块化的方法使得搭建卷积神经网络变得简单。本篇博客不会涉及具体的深度学习和卷积神经网络的基础知识,具体理论知识会在稍后的博客中涉及。导入必要的库和模块$ import numpy as np$ import os $ import cv2$ import glob从keras中导入Sequential模块，它是一个神经网络的线性栈，适合本教程搭...…
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ubuntu14.04配置tensorflow和keras
本文主要讲述在Ubuntu14.04系统下配置kerasnvidia显卡驱动安装1.进入Nvidia的官网，找到对应自己版本（TITAN Xp）显卡的Linux 64-bit 的驱动程序，然后下载.run驱动2.安装$ sudo service lightdm stop按住Atrl+Alt+F1进入纯字符界面，输入用户名和密码（注意这时候小键盘不可以使用） 给NVIDIA**.run文件权限$ sudo chmod 777 NVIDIA**.run$ sudo ./NVIDIA**.ru...…
